但是，在旧时的社会里，一个医生不管医术多高明，社会地位总是不高，所以，李言闻一直希望自己的儿子能通过当时正规的科举考试，获得功名，光宗耀祖。在他的计划里，大儿子李思珍，继承自己的医业;而让较聪明的李时珍参加科举考试，完成自己一直没有完成的目标。
《本草纲目》内文李时珍小时候常生病，但又天生好动、好读书，尤其对于大人们讲的各种传奇故事、珍奇事物，以及父亲收藏的那些有图画的医书、药书更是有兴趣。他也喜欢到田野间采花捕蝶、欣赏大自然的神奇造化。在他的心目中，做一个像父亲那样医术高明的大夫，远比考试做官来的有趣多了。不过在父命难违的情形下，李时珍开始一次又一次参加科举考试，十四岁那年考取了秀才，但是之后的乡试一直不如意。
明朝嘉靖十九年，公元1540年，李时珍22岁时，他第三次来到武昌参加乡试，这次比前两次更糟，不久前他才刚得过“骨蒸”病，这种病是因为受了风寒，长期咳嗽造成，皮肤会发热、而且多痰、全身无力，类似肺炎的病症。大病初愈的李时珍不仅难以通过乡试，甚至几乎再度病倒。这样的经验，对李时珍而言是痛苦的。回乡后，他作了人生第一个重大的决定，放弃科举考试求取功名的途径，走自己的道路。这个转变，使得《本草纲目》这本巨着得以诞生，进而改变了整个医药学的发展，影响直到今日。
1551年，李时珍因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王聘为王府的“奉祠正”，兼管良医所事务。1556年，李时珍又被推荐到太医院工作，授“太医院判”职务。在此期间，他有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，摘录了不少医学资料。并看到了许多平时难以见到的药物标本，大大开阔了眼界，丰富了知识。但由于他淡于功名利禄，在太医院任职未及一年，就辞职归家，专心着述。
在李时珍任职太医院前后的一段时期，经长时间准备之后，李时珍开始了《本草纲目》的写作。在编写过程中，他脚穿草鞋，身背药篓，带着学生和儿子建元，翻山越岭，访医采药，足迹遍及河南、河北、江苏、安徽、江西、湖北等广大地区，以及牛首山、摄山、茅山、太和山等大山名川，走了上万里路，倾听了千万人的意见，参阅各种书籍800多种，历时27年，终于在他61岁那年(1578年)写成。
《本草纲目》全书约有200多万字，52卷，载药1892种，新增药物374种，载方10000多个，附图1000多幅，成了我国药物学的空前巨着。其中纠正前人错误甚多，在动植物分类学等许多方面有突出成就，并对其他有关的学科(生物学、化学、矿物学、地质学、天文学等等)也做出贡献。达尔文称赞它是“中国古代的百科全书”。
一五九六年，也就是李时珍逝世后的第三年，《本草纲目》在金陵(今南京)正式刊行，立即风靡全国，医家视为珍品，争相抢购。不久即流传于全世界。
开棺救母子
一次，李时珍在路上见一群人正抬着棺材送葬，而棺材里直往外流血。李时珍上前一看，见流出的血不是淤血而是鲜血，于是赶忙拦住人群，说：“快停下来，棺材里的人还有救啊!”
众人听了，面面相觑，彼此都不敢相信。人已经死了，再开棺惊动故人，不是太不吉利了吗?可万一……李时珍当然看出了大家的心思，于是便反复劝说，终于使主人答应开棺一试。
李时珍先是进行了一番按摩，然后又在其心窝处扎了一针，不一会儿，就见棺内的妇人轻轻哼了一声，竟然醒了，人群顿时欢动。不久之后，这名妇女又顺利产下一个儿子，于是人们都传言李时珍一根银针，救活了两条人命，有起死回生的妙法。这就是李时珍开棺救母子的故事。
活人断其死
李时珍在以一根银针救活母子两人后，许多人都想见一见这位神医。
一天，有家药店老板的儿子正在柜台上大吃大喝，听说了之后，也想去看看热闹。
他费了好大力气终于挤到李时珍面前，问道：“先生，你看我有什么病吗?”
李时珍见此人气色不好，赶忙给他诊脉，过后，十分惋惜地说道：“小兄弟，可惜呀，年纪轻轻，活不了三个时辰了，请赶快回家去吧，免得家里人到处找。”
众人都不信，那个药店老板的儿子更是大骂不止，后来在众人的劝说下，方才气咻咻地走了。果不其然，不到三个时辰，这个人便死掉了。
原来此人吃饭过饱，纵身一跳，肠子断了，内脏受损。由此，人们更是惊叹李时珍的神奇医术了。