朱元璋登基后，为保朱姓王朝千秋万代，一方面加强王权，另一方面大肆将分封自己的儿子。他将自己的儿子封为亲王，驻守各地战略要地。诸王不仅可以在自己的封地建王府，设官属，而且拥有自己的军事力量，可以随意调动。诸王中燕王朱棣由于功绩卓着，地位又最高，拥有的兵力也最多。
藩王势力不断膨胀势，势必威胁中央政权。曾有人劝告朱元璋，但并没有引起重视。1392年，太子朱标病死，朱元璋立太子的次子朱允炆(长子早亡)为皇太孙。
1398年，明太祖朱元璋去世，皇长孙朱允炆即位，即为建文帝。建文帝听从大臣的建议施行削藩。他首先削掉力量较弱的几位亲王的爵位，然后集中力量对付燕王朱棣，并下令亲王不得节制文武将吏。建文帝又派人监视朱棣，并伺机逮捕他。朱棣得知后，先诱杀前来监视的将臣，并于1399年七月举兵。
燕王朱棣举兵后，迅速攻取居庸关、密云遵化、永平等地，占领了北平的外围，解除了后顾之忧，然后从容与朝廷对抗。朱元璋建国后曾大肆杀戮开国功臣致使朝廷无将可用，建文帝只好启用年近古稀的耿炳文命他为将率领13万大军攻燕。
八月，大军进抵河北滹沱河地区。燕王趁其不备，先击败南伐先头部队，继而又在滹沱河北岸大败其主力。建文帝得知后，又任命曹国公李景隆为将，取代耿炳文。李景隆不懂用兵，注定了此次战斗的失败。
九月，李景隆抵达德州，集合耿炳文的残余兵力，并调度各路兵马号50万大军，驻扎河涧。燕王朱棣用诱敌深入之计，于永平城外大败李景隆率领的军队。
1400年四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合60万兵力，进驻白沟河(今河北雄县北)。朱棣以张玉、朱能、陈亨、丘福等率军10万迎战。南伐大军政令不一，致使主力不断受挫。李景隆后撤德州。燕军乘胜追。五月，李景隆又逃往济南。
朱棣率军穷追不舍。济南守将誓死抵抗，朱棣率军久攻不下随后撤围。李景隆败绩连连，建文帝罢免了他的职务，并遣使议和以缓解压力，又以盛庸为将取代李景隆。九月，盛庸率军北伐，十月，进抵沧州，被燕军击败。
十二月，燕军进驻山东临清、大名、济宁一带，盛庸驻守东昌(今山东聊城)。燕军轻敌，被盛庸率军击败。
1401年二月，朱棣率军出击，先后多次取胜。接着，又攻取了顺德、大名等地。虽燕军屡战屡胜，但朝廷兵多势盛，燕军所攻取的城池终不能固守。此时，燕王得知南京空虚，遂决定于1402年率军直取金陵。
四月，燕军连破何福、平定安师。五月，攻克泗州、扬州。建文帝遣使求和遭到燕王拒绝。六月，江防都督陈瑄率水师降燕。燕军得以渡江，攻取镇江，直逼南京。谷王朱橞与李景隆打开金川大门投降燕王。燕王进入京城即位，是为明成祖，年号永乐。
朱元璋在分封诸藩王时，叶伯巨如何劝谏?
藩王的势力扩张，势必会威胁中央政权。早在朱元璋分封诸王的时候，叶伯巨就提出，藩王势力过大，数代后就会出现尾大不掉的局面。到时再削藩，恐怕会酿成汉代时期的“七国之叛”、西晋的“八王之乱”的惨剧。他建议明太祖应该“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。
朱元璋不但没有采纳他的建议，反而将其投入监狱，囚禁至死。
燕王朱棣在起兵之时，为什么以“清君侧之恶”的名义?
朱元璋执政时，唯恐权臣夺权篡位，规定各藩王拥有移文中央索取奸臣并举兵清君侧的权力。在《皇明祖训》中，朱元璋有“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”的训记。朱棣便是以此为理由，指责齐泰、黄子澄为奸臣，建议讨伐，并声称自己的行动是“靖难”，即靖祸难的意思。
大开眼界
靖难之役中，建文帝朱允缺乏谋略，没有制定统一的作战计划。在任命军事统帅上，他又有失误，致使军队指挥失利，最后被燕王各个击破。