公元1759年(乾隆二十四年)，清军平定了天山南北，将这块汉代西域都护府、唐代安西都护府的故土，重新归入了大一统王朝的版图。因此，清高宗受新觉罗弘历就以“新附旧疆”之意，将这块达160万平方公里以上的广袤土地，命名为“新疆”……
山雨欲来
乾隆帝平定新疆之后，在南疆的广大地区，清廷仍保留了当地原有的伯克制度。“伯克”(Beg或者Bek)，是突厥语“财主，贵族”的意思，也可以说成“巴依”(Bay)、“贝伊”(Bey)。这些伯克是拥有大量土地的封建领主，国产动画片《阿凡提》里那个贪婪成性的“巴依老爷”，就是一个很典型的低级“伯克”形象。
在平定新疆之初，清政府收取的赋税很少。然而，走过了“康乾盛世”的清王朝日渐衰败，新疆各族百姓受到的压榨与剥削也就变得越加繁重。更有甚者，1862年，为了镇压内地此起彼伏的人民起义，清廷不得不饮鸩止渴，完全断绝了内地所支援新疆的“协饷——这笔一度高达每年400万两白银的巨款。为了筹措经费，清王朝的新疆当局和各级伯克把负担完全转嫁到下层人民身上。终于，到了1864年6月，库车的一群被迫服劳役的百姓发动了起义，这如同是扔进干柴中的一颗火星，从此点燃了连绵十余年的战火!
19世纪60年代，驻扎新疆的清军总兵力只有区区一万五千人。显而易见，如此单薄的兵力布置根本无法应对大规模的起义风潮。因此，库车起义爆发之后，反清风暴迅速遍及天山南北。到了1866年3月初，清廷在新疆大部分地区的统治被推翻，残余清军只得退守塔城、巴里坤与哈密。
大起义虽然颠覆了清朝在新疆的统治，但是起义的领导权却落到了大大小小的伯克手里。这些伯克各自割据，为了争权夺利而相互混战。然而，鹬蚌相争，渔翁得利，尘埃落定之后，整个南疆却落到了一个名叫穆罕默德·雅霍甫的伯克手里，此人在汉文史籍上，被称为阿古柏。
那些分裂祖国的民族败类，往往被称为“卖国贼”，而这个充满感情色彩的蔑称，却不能加诸这个占据了南疆广大土地的阿古柏身上，因为此人是个货真价实的外国人。中国的大片土地却被一个外国人所窃据，
“鸠占鹊巢”正是对这段动荡的历史中最为荒诞—幕的真实写照。
“洪福之汗”
阿古柏大约在1820年出生在中亚名城塔什干(今乌兹别克斯坦首都)附近。当地是多民族混杂区，因此现在已经无法考证此人究竟是乌兹别克族还是塔吉克族。1847年，阿古柏出任浩罕汗国的阿克麦吉特伯克，从此也被称呼为“雅霍甫伯克”，这也是“阿古柏”这个汉译的出处。
通过血腥的征战，窜入新疆的阿古柏相继消灭了天山以南大大小小的“苏丹”、“帕夏”。1867年，阿古柏自称“毕条勒特汗(意为洪福之汗)”，建立了所谓“哲德沙尔汗国”，开始了他在南疆长达十余年的反动统治。
1870年，乌鲁木齐和吐鲁番也被纳入了“哲德沙尔汗国”的“版图”。虽然占据了大片土地，但阿古柏的政权依旧十分脆弱。当时曾窜入喀什噶尔“访问”的俄国军事观察员、30年之后曾在日俄战争中担任俄国“满洲军总司令”的库罗巴特金上尉就认为，阿古柏“没有得到人民的支持”，
“因而，他从一开始执政的时候起，就决定依靠军队的力量，而使它成为这个国家拥有特权的、统治的阶级”。
为了笼络其不得人心的政权的支柱一一追随自己亡命入寇新疆的浩罕军人，阿古柏在战领区恢复了落后的军事封建采邑制度。军官们按不同级别领有相应大小的采邑。他们并不拿阿古柏的工资，其收入来自于辖区征收的赋税，数额多少完全取决于这些人的意愿，或者说是良心。可想而知，在这种制度下，“洪福之汗”治下的人民会有什么“洪福”可言?人民常年负担的政项税多如牛毛，甚至在此之外，每星期还要交纳一次保护费，美其名曰“警察捐”。
“塞”“海”之争
1864年，湘军攻下了虎踞龙盘的天京，太平天国运动最终失败，大规模农民起义的高潮逐渐过去，中华帝国首次近代化的努力——洋务运动也开始兴起。当时的史家不无溢美地将这段时期称为“同治中兴”。庞大的帝国在付出骇人的代价一中国人口从1851年的4.36亿减少到1867年的大约2.8亿之后，终于开缓慢地恢复了秩序和元气。
平定了内地农民起义之后，收复阿古柏窃据的新疆地区摆上了清廷的议事日程。1837年11月，湘军将领，时任陕甘总督的左宗棠调兵遣将，准备兵发新疆。
偏偏天有不测风云，东南海疆警报传来。明治维新以后意欲“布皇威于四方”的日本，以琉球船民被台湾高山族居民杀害为借口，出兵台湾。1874年4月，三千日军在恒春登陆，妄图长期盘踞台湾这一中国宝岛。清廷总算做出了及时反应，加强了台海战备，同时日军也因为不服水土而病亡累累，不得不稍许收敛侵略野心。因此中日在10月签订《北京专约》，以50万两赔银换取日本从台湾撤军。
日本侵台事件虽然和平了结，但这一事件却影响到万里之外的新疆的前途。围绕着“海防”与“塞防”孰轻孰重，清政府内部发生了激烈辩论。
鸦片战争以来，大清帝国突然意识到自己面临着“数千年未有之变局”，“数千年未有之强敌”意然是“从海上来”。而大清帝国的水师既不能歼敌于海上，帝国的炮台也不能御敌于海岸，加强海防顺理成章地成为朝野的共识。然而，建设海防需要大笔资金，在清政府财政拮据的情况下，以“海防”为重，停止出兵新疆，把节省下来的经费用于海防就成为朝廷上不小的呼声，所谓“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘”。持此论调的便是另一位清廷重臣——直隶总督兼北洋通商大臣、文华殿大学士李鸿章。
就当时的形势而言，1871年，俄国以“代为收复”的名义武力强占了我国伊犁地区，进而要求阿古柏政权臣服。而阿古柏为了得到沙俄的支持，也对自已祖国浩罕的仇敌摇尾乞怜：“我把俄国人看作我最亲爱的朋友!”可以想见，如果清廷不去剿灭阿古柏政权，阿古柏盘踞的大片中国新疆的土地，也会像希瓦、布哈达、浩罕这几个中亚汗国一样变成俄国的下一份盘中餐，而19世纪的沙俄在东方的侵略扩张行动，从来是没有尽头和界限的。
左宗棠在奏折中警告，正因为海疆多事，所以才要一劳永逸地解决新疆的阿古柏政权，以便集中全力经营“海防”。不然，就会“我师退一步，则俄人进一步”，放弃新疆就是自撒藩篱，沙俄必将得寸进尺，不但甘肃和陕西堪忧，就是北路蒙古地区也失去保障，这样北京城也会丧失门户，后果不堪设想。清政府考虑到事关北半个中国的存亡，最终采纳了左宗棠的意见。一场“海防”和“塞防”的争论才告结束。
积粮筹款
1875年5月，清政府任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。此时，集结在肃州的清军已经有100多个营。当时，“营”是西征清军编制的基本单位，步队每个营有勇丁大约500人和伙夫200人，马队每个营则
有250人和250匹战马。左宗棠已经握有七万之众的兵力。
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